Эксперты компаний Intellia Therapeutics и Editas Medicine, разрабатывающие технологию редактирования генома CRISPR/Cas9, подвергли резкой критике недавнюю публикацию в журнале Nature Methods, в которой говорится о многочисленных нецелевых мутациях при использовании этой технологии. Свои доводы они приводят в двух независимых заявлениях (раз и два).
Авторы оригинальной публикации провели секвенирование полного генома двух мышей, которым они ранее на стадии зиготы с помощью CRISPR/Cas9 исправили генетический дефект, приводящий к слепоте. Полученные результаты они сопоставили с данными полногеномного анализа контрольного животного, которому редактирование генома не проводили. По итогам исследования ученые пришли к выводу, что применение технологии привело к возникновению множества нецелевых мутаций: 1397 однонуклеотидных замен и 117 инсерций и делеций, что существенно превышает предыдущие оценки побочных эффектов CRISPR/Cas9.
Эта публикация и посвященный ей пресс-релиз Колумбийского университета в Нью-Йорке вызвали немалый ажиотаж СМИ, что привело к падению цен на акции компаний, занимающихся разработками в области редактирования генома, в том числе Intellia и Editas.
В ответных заявлениях эксперты компаний обращают внимание на многочисленные недостатки в дизайне проведенного исследования. В частности, они указывают, что его авторы не проводили секвенирование генома родителей животных, у которых применяли CRISPR/Cas9, а именно это позволило бы с достаточной точностью оценить вклад технологии в обнаруженные генетические отличия. Также критики отмечают, что предыдущие аналогичные исследования с применением полногеномного анализа не обнаружили подобного числа побочных эффектов технологии, а генетические отличия экспериментальных животных от контрольного укладываются в диапазон естественных различий между мышами одной линии. Более того, некоторые из зарегистрированных мутаций выходят за рамки возможностей CRISPR/Cas9. Таким образом, полученные результаты не позволяют говорить о четкой связи обнаруженных мутаций с применением технологии. Среди недостатков публикации указаны также ошибки в идентификации генов и недостаточное для получения статистически достоверных результатов число подопытных животных.
Как пишет MIT Technology Review, аналогичные претензии к работе предъявляли и многие другие ученые.
«По нашему мнению, выводы исследования не обоснованы результатами проведенных экспериментов», — говорится в заявлении Editas. Один из его авторов, сооснователь компании и гарвардский профессор Джордж Черч (George Church) заявил, что публикацию, возможно, стоит отозвать, или, как минимум, дополнить комментарием об основных неучтенных проблемах.
Исполнительный директор Intellia Нессан Бермингем (Nessan Bermingham) занял более жесткую позицию: «Эта публикация привлекла пристальное внимание прессы и публики, что привело к существенному ущербу. Учитывая вопросы к дизайну [исследования] и интерпретации [результатов], думаю, что редколлегии Nature Methodsнадлежит отозвать статью».
Представитель Springer Nature — издателя журнала — заявил, что редакция уже получила ряд писем, касающихся публикации, и в настоящее время проводит собственное разбирательство, привлекая к обсуждению ее авторов.
Тщательное изучение потенциальных побочных эффектов от применения CRISPR/Cas9 приобретает все большее значение, учитывая то, что ее клинические испытания уже проводятся в Китае и запланированы на 2018 год в США.